Con la firme convicción de cumplir con su misión y visión, la Universidad Evangélica de las Américas (UNELA) legalizada en octubre de 1992, diseñó y operacionalizó un sistema de educación teológica y pastoral de ministerio cristiano múltiple, con una diversidad de programas de estudios bajo escuelas académicas específicas. Actualmente, están vigentes las siguientes: Escuela de Estudios Doctorales, Escuela de Teología, Escuela de Administración de los Recursos Eclesiásticos, Escuela de Educación, Escuela de Estudios a Distancia, Escuela Interdisciplinaria y Ciencias Aplicadas.